Las Marismas Negras es un sistema de lagunas de agua salada comunicadas con la Ría de Boo, en el término municipal del Astillero, con un gran valor ornitológico ya que recalan numerosas aves acuáticas.
En el pasado sufrió procesos de rellenado y desecación hasta que el espacio ha sido recuperado por el Ministerio de Medio Ambiente, a través de la Dirección General de Costas, y el Ayuntamiento de Astillero dentro del Plan Estratégico Ambiental EcoAstillero XXI en el año 2007.
La Autovía S-10 del Cantábrico y la vía férrea de FEVE paralela, la separan de las Marismas Blancas. Tenemos dos humedales en fase de recuperación, uno de agua salada, las Marismas Negras y otro de agua practicamente dulce, las Marismas Blancas, por las que se puede pasear por ellas y que tienen comunicación entre sí.
La más grande comunicada con la Ría de Boo por una estrecha entrada y con las restante entre sí con tuberías. Esto hace que haya un cierto desfase de tiempo entre la marea en la ría y las lagunas por el tiempo de llenado y vaciado debido a que los pasos del agua son estrechos.
La forma de llegar desde Santander es por la Autovía S-10 en la primera salida del Astillero. Cerca de la rotonda de la Avenida Chiclana se encuentra el Centro de interpretacion de las Marismas con un aparcamiento.
Una vuelta completa siguiendo la ruta marcada son mas o menos cinco kilometros.
La reserva está dividida en dos por un dique central, que delimita al norte un área de aguas poco profundas y otra, al sur, donde está la mayor superficie de aguas libres. El área se encuentra parcialmente rodeada por la Ría de Boo, con amplias extensiones de fangos intermareales. Existe un observatorio con accesos adecuados, y con caminos que bordean toda la laguna y permiten una observación completa de la reserva.
El Ayuntamiento de Astillero, con la colaboración de SEO/BirdLife y dentro del marco del Plan Estratégico Ambiental EcoAstillero XXI, desarrolló un proyecto de adecuación del espacio que, por un lado recuperara y mejorara los valores naturales del humedal y, por otro, facilitara el acceso ordenado del público.
El núcleo principal de observación son las aves acuáticas: ánade azulón, porrón europeo, porrón moñudo, cuchara común, cerceta común, ánade friso, focha común, zampullín común, gallineta común, gaviota patiamarilla, gaviota reidora, garceta común, garza imperial y garza real. También podemos ver escribano palustre, avetorillo, aguilucho lagunero, lavandera boyera, carricero tordal, buitrón y ruiseñor bastardo.
